Odjel za mikrobiologiju i biologiju sastavni je dio Službe za zdravstvenu ekologiju. Uloga ovog Odjela je praćenje mikrobioloških parametara kao parametara zdravstvene ispravnosti:

• namirnica životinjskog i biljnog podrjetla (žitarica i proizvoda, pekarskih proizvoda, voća i proizvoda od voca, povrća i proizvoda od povrća, biljnih ulja i masti, meda, kave, začina, čajeva, mesa i proizvoda od mesa, mlijeka i mliječnih proizvoda, jaja i proizvoda od jaja, slatkovodnih i morskih riba te gotovih jela)  
• predmeta opće uporabe (posuđa, ambalaže, igračaka, kozmetike)

Praćenje mikrobioloških pokazatelja u:

• svim tipovima vodoopskrbnih objekata (vodozahvat, vodosprema i mreža) 
• vodama iz javnih i privatnih objekata (cisterni, bunara, bušotina, brodskih tankova i raznih drugih spremnika vode)  
• vodama iz originalne ambalaže (mineralna, izvorska i stolna voda)  te
• površinskim vodama (rijeke, jezera, izvori)  moru na plažama u sezoni kupanja,
• moru na uzgajalištima ili u blizini ispusta otpadne vode bazenima (za kupanje, rekreaciju i rehabilitaciju)

Odjel ispituje biološke parametre u površinskim vodama (rijeke, jezera), koncentraciju peludnih zrnaca u zraku, mikrobiološku čistoću objekata u kojima se priprema i poslužuje hrana, te prati utjecaj mikrobiološkog onečišćenja s kopna na more (ekološke studije, monitorinzi)

Odjel se sastoji od sljedećih laboratorija:

Laboratorij za mikrobiologiju namirnica i POU

• Ispitivanje mikrobiološke ispravnosti namirnica prema Pravilniku o mikrobiološkim standardima zanamirnice (NN 46/94, 20/01, 40/01, 125/03, 32/04).
• Ispitivanje mikrobiološke čistoće u objektima koji posluju s hranom prema Pravilniku o normativimamikrobiološke čistoće i metodama njenog određivanja (NN 46/94).
• Ispitivanje mikrobiološke ispravnosti predmeta opće uporabe (POU) prema Pravilniku o uvjetima u pogledu zdravstvene ispravnosti POU koji se mogu stavljati u promet (NN 42/04) i Pravilniku o zdravstvenoj  ispravnosti predmeta koji dolaze u neposredan dodir s hranom (NN 46/04).
• Ispitivanje mikrobiološke ispravnosti dijetetskih namirnica prema Pravilniku o zdravstvenoj ispravnosti dijetetskih namirnica (NN 46/94, 50/95, 88/96, 1/01).